Tool
List of standard terms for the Tool Data Model.
Attribute: Tool Accessibility¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Open Access | nan |
| Open Access (With Restrictions) | nan |
| Restricted Access | nan |
Attribute: Tool Cost¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Commercial | Software which you have to pay to access. |
| Free of Charge | nan |
| Free of Charge (With Restrictions) | nan |
Attribute: Tool Documentation Type¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| API Documentation | nan |
| Citation Instructions | nan |
| Code of Conduct | nan |
| Command-Line Options | nan |
| Contributions Policy | nan |
| FAQ | Frequently Asked Questions (and answers) about the software. |
| General | General documentation. |
| Governance | Information about the software governance model. |
| Installation Instructions | nan |
| Other | Some other type of documentation not listed in biotoolsSchema. |
| Quick Start Guide | nan |
| Release Notes | nan |
| Terms of Use | nan |
| Training Material | nan |
| User Manual | nan |
Attribute: Tool Download Type¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| API Specification | nan |
| Binaries | Binaries for the software; compiled code that allow a program to be installed without having to compile the source code. |
| Biological Data | nan |
| Command-Line Specification | nan |
| Container File | nan |
| Downloads Page | nan |
| Icon | Icon of the software. |
| Other | Other type of download for software - the default if a more specific type is not available. |
| Screenshot | Screenshot of the software. |
| Software Package | nan |
| Source Code | nan |
| Test Data | nan |
| Test Script | nan |
| Tool Wrapper (CWL) | nan |
| Tool Wrapper (Galaxy) | nan |
| Tool Wrapper (Taverna) | nan |
| Tool wrapper (Other) | nan |
| VM Image | nan |
Attribute: Tool Grant Number¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Affiliated/Non-Grant Associated | nan |
| CA184897 | nan |
| CA184898 | nan |
| CA188388 | nan |
| CA193313 | nan |
| CA193417 | nan |
| CA193419 | nan |
| CA193461 | nan |
| CA193489 | nan |
| CA195469 | nan |
| CA199315 | nan |
| CA202123 | nan |
| CA202144 | nan |
| CA202177 | nan |
| CA202229 | nan |
| CA202241 | nan |
| CA209891 | nan |
| CA209923 | nan |
| CA209971 | nan |
| CA209975 | nan |
| CA209978 | nan |
| CA209988 | nan |
| CA209992 | nan |
| CA209997 | nan |
| CA210152 | nan |
| CA210173 | nan |
| CA210180 | nan |
| CA210181 | nan |
| CA210184 | nan |
| CA210190 | nan |
| CA214282 | nan |
| CA214292 | nan |
| CA214297 | nan |
| CA214300 | nan |
| CA214354 | nan |
| CA214369 | nan |
| CA214381 | nan |
| CA214411 | nan |
| CA215709 | nan |
| CA215794 | nan |
| CA215798 | nan |
| CA215845 | nan |
| CA215848 | nan |
| CA217297 | nan |
| CA217376 | nan |
| CA217377 | nan |
| CA217378 | nan |
| CA217450 | nan |
| CA217456 | nan |
| CA217514 | nan |
| CA217613 | nan |
| CA217617 | nan |
| CA217655 | nan |
| CA220378 | nan |
| CA223976 | nan |
| CA224012 | nan |
| CA224013 | nan |
| CA224044 | nan |
| CA225088 | nan |
| CA225566 | nan |
| CA227136 | nan |
| CA227544 | nan |
| CA227550 | nan |
| CA228608 | nan |
| CA228963 | nan |
| CA231978 | nan |
| CA232137 | nan |
| CA232161 | nan |
| CA232209 | nan |
| CA232216 | nan |
| CA232382 | nan |
| CA232517 | nan |
| CA234787 | nan |
| CA235747 | nan |
| CA238475 | nan |
| CA238720 | nan |
| CA238728 | nan |
| CA240301 | nan |
| CA241137 | nan |
| CA241927 | nan |
| CA243004 | nan |
| CA243007 | nan |
| CA243072 | nan |
| CA243073 | nan |
| CA243075 | nan |
| CA244100 | nan |
| CA244101 | nan |
| CA244107 | nan |
| CA244109 | nan |
| CA245313 | nan |
| CA248890 | nan |
| CA249799 | nan |
| CA250040 | nan |
| CA250044 | nan |
| CA250046 | nan |
| CA250481 | nan |
| CA251443 | nan |
| CA253248 | nan |
| CA253472 | nan |
| CA253540 | nan |
| CA253547 | nan |
| CA253553 | nan |
| CA254200 | nan |
| CA254886 | nan |
| CA256054 | nan |
| CA256481 | nan |
| CA260432 | nan |
| CA261694 | nan |
| CA261701 | nan |
| CA261717 | nan |
| CA261719 | nan |
| CA261822 | nan |
| CA261841 | nan |
| CA261842 | nan |
| CA263001 | nan |
| CA264583 | nan |
| CA264610 | nan |
| CA264611 | nan |
| CA264620 | nan |
| CA267170 | nan |
| CA268069 | nan |
| CA268072 | nan |
| CA268083 | nan |
| CA268084 | nan |
| CA271273 | nan |
| CA274492 | nan |
| CA274494 | nan |
| CA274499 | nan |
| CA274502 | nan |
| CA274509 | nan |
| CA275808 | nan |
| CA279408 | nan |
| CA279560 | nan |
| CA280984 | nan |
| CA280849 | nan |
| CA280829 | nan |
| CA284090 | nan |
| CA284086 | nan |
| CA274504 | nan |
| CA283114 | nan |
| CA274507 | nan |
| CA274506 | nan |
| CA274511 | nan |
| CA282451 | nan |
Attribute: Tool Input Data¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Accession | nan |
| Alignment | nan |
| Biological Model ID | nan |
| Biological Model Name | nan |
| Cell Line Name | nan |
| Cell Migration Track Image | nan |
| Cell Type Identifier | nan |
| Cell Type Name | nan |
| Cell Type Ontology ID | nan |
| Chromosome Name | nan |
| Chromosome Report | nan |
| Clustered Expression Profiles | nan |
| Codon Number | nan |
| Comparison Matrix | nan |
| Compound Identifier | nan |
| Compound Name | nan |
| Concentration | nan |
| Count Matrix | nan |
| DNA Sequence | nan |
| Data Index | nan |
| Data Reference | nan |
| Database Search Results | nan |
| Drug Identifier | nan |
| Drug Name | nan |
| Drug Report | nan |
| Electronic Health Record | nan |
| Enzyme Kinetics Data | nan |
| Experimental Measurement | nan |
| Expression Data | nan |
| GO-Term Enrichment Data | nan |
| Gene Expression Matrix | nan |
| Gene Expression Profile | nan |
| Gene ID | nan |
| Gene ID (NCBI) | nan |
| Gene Identifier | nan |
| Gene Name | nan |
| Gene Report | nan |
| Gene Symbol | nan |
| Gene Tree | nan |
| Genetic Map | nan |
| Genotype/Phenotype Report | nan |
| Heat Map | nan |
| Hidden Markov Model | nan |
| Hierarchy | nan |
| Histogram | nan |
| Identifier | nan |
| Image | nan |
| Image Metadata | nan |
| Kinetic Model | nan |
| MRI Image | nan |
| Map | nan |
| Map Data | nan |
| Mass Spectrometry Data | nan |
| Mass Spectrum | nan |
| Mathematical Model | nan |
| Matrix | nan |
| Molecular Property | nan |
| Molecular Simulation Data | nan |
| Molecule Identifier | nan |
| Molecule Name | nan |
| Morphology Parameter | nan |
| Mutation ID | nan |
| Not Applicable | nan |
| Nucleic Acid Identifier | nan |
| Nucleic Acid Report | nan |
| Nucleic Acid Sequence | nan |
| Ontology | nan |
| Ontology Concept Data | nan |
| Ontology Data | nan |
| Ontology Identifier | nan |
| Ontology Mapping | nan |
| Ontology Name | nan |
| Ontology Term | nan |
| Organism Identifier | nan |
| Organism Name | nan |
| Over-Represesntation Data | nan |
| P-Value | nan |
| Pair Sequence Alignment | nan |
| Pathway Or Network | nan |
| Pathway Or Network Report | nan |
| Pathway Overrepresentation Data | nan |
| Peptide Identification | nan |
| Peptide Property | nan |
| Phenotype Name | nan |
| Phylogenetic Data | nan |
| Phylogenetic Tree | nan |
| Plain Text | nan |
| Plot | nan |
| Position Weight Matrix | nan |
| Position-Specific Scoring Matrix | nan |
| Protein Contact Map | nan |
| Protein Identifier | nan |
| Protein Interaction Data | nan |
| Protein Name | nan |
| Protein Property | nan |
| Protein Report | nan |
| Protein Sequence | nan |
| Protein Structure Report | nan |
| Quality Control Report | nan |
| RNA Sequence | nan |
| Raw Image | nan |
| Reaction Data | nan |
| RefSeq Accession | nan |
| Report | nan |
| Resource Metadata | nan |
| Sample Annotation | nan |
| Sample ID | nan |
| Score | nan |
| Sequence | nan |
| Sequence Alignment | nan |
| Sequence Attribute | nan |
| Sequence Cluster | nan |
| Sequence Composition Plot | nan |
| Sequence Composition Report | nan |
| Sequence Coordinates | nan |
| Sequence Features | nan |
| Sequence Image | nan |
| Sequence Motif | nan |
| Sequence Position | nan |
| Sequence Property | nan |
| Sequence Range | nan |
| Sequence Record | nan |
| Sequence Report | nan |
| Sequence Search Results | nan |
| Sequence Set | nan |
| Sequence Signature Data | nan |
| Sequence Similarity | nan |
| Sequence Similarity Score | nan |
| Sequence Variations | nan |
| Simulation | nan |
| Small Molecule Report | nan |
| Spectrum | nan |
| Statistical Estimate Score | nan |
| Strain Identifier | nan |
| Strain Name | nan |
| Structure | nan |
| Structure Report | nan |
| Taxonomy | nan |
| Text Data | nan |
| Text Mining Report | nan |
| Topology Data | nan |
| Training Material | nan |
| Trajectory Data | nan |
| Transcription Factor Identifier | nan |
| Transcription Factor Name | nan |
| Vmax | nan |
| dbSNP ID | nan |
Attribute: Tool Input Format¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Alignment Format | nan |
| Alignment Format (Pair Only) | nan |
| Alignment Format (Text) | nan |
| Annotated Text Format | nan |
| Antimony | nan |
| BAM | nan |
| BCF | nan |
| BED | nan |
| BLAST Results | nan |
| BNGL | nan |
| Binary Format | nan |
| Biological Model Format | nan |
| Biological Pathway Or Network Format | nan |
| CSV | nan |
| Chemical Data Format | nan |
| Cytoband Format | nan |
| Cytoscape Input File Format | nan |
| DCC | nan |
| DCD | nan |
| DSV | nan |
| Database Hits (Sequence) Format | nan |
| Docker Image Format | nan |
| Document Format | nan |
| Dot-Bracket Format | nan |
| FASTA | nan |
| FASTQ | nan |
| FASTQ-Illumina | nan |
| FCS | nan |
| GCT/Res Format | nan |
| GFF | nan |
| GFF3 | nan |
| GIF | nan |
| GML | nan |
| GTF | nan |
| Gene Annotation Format | nan |
| Gene Cluster Format | nan |
| Gene Expression Report Format | nan |
| Genotype And Phenotype Annotation Format | nan |
| Graph Format | nan |
| H5AD | nan |
| HDF | nan |
| HDF5 | nan |
| HTML | nan |
| Hidden Markov Model Format | nan |
| Image Format | nan |
| Individual Genetic Data Format | nan |
| JPG | nan |
| JSON | nan |
| LSM | nan |
| MAF | nan |
| MAGE-ML | nan |
| MAGE-TAB | nan |
| MAT | nan |
| MATLAB Script | nan |
| MSF | nan |
| Map Format | nan |
| Mass Spectrometry Data Format | nan |
| Matrix Format | nan |
| NIFTI Format | nan |
| Nexus Format | nan |
| Not Applicable | nan |
| NumPy Format | nan |
| OME-TIFF | nan |
| Ontology Format | nan |
| nan | |
| PNG | nan |
| PS | nan |
| PSF | nan |
| Phylip Format | nan |
| Phylip Format Variant | nan |
| Phylogenetic Tree Format | nan |
| Phylogenetic Tree Format (Text) | nan |
| Protein Interaction Format | nan |
| Python Script | nan |
| R File Format | nan |
| R Script | nan |
| RDS | nan |
| RNA Annotation Format | nan |
| RNA Secondary Structure Format | nan |
| RPKM | nan |
| Raw Sequence Format | nan |
| SAM | nan |
| SBML | nan |
| SQLite Format | nan |
| SVG | nan |
| Scores Format | nan |
| Sequence Annotation Track Format | nan |
| Sequence Cluster Format | nan |
| Sequence Cluster Format (Protein) | nan |
| Sequence Feature Annotation Format | nan |
| Sequence Feature Table Format | nan |
| Sequence Feature Table Format (Text) | nan |
| Sequence Profile Format | nan |
| Sequence Range Format | nan |
| Sequence Record Format | nan |
| Sequence Trace Format | nan |
| Sequence Variation Annotation Format | nan |
| TIFF | nan |
| TSV | nan |
| TXT | nan |
| Tertiary Structure Format | nan |
| Textual Format | nan |
| Topology Format | nan |
| Trajectory Format | nan |
| VCF | nan |
| Workflow Format | nan |
| XML | nan |
| YAML | nan |
| bedgraph | nan |
| bigWig | nan |
| cel | nan |
| imzML Metadata File | nan |
| mzML | nan |
| nii | nan |
| pkl | nan |
| sif | nan |
| xls | nan |
| xlsx | nan |
| PDB | nan |
| HED | nan |
| MRC | nan |
| Unspecified | nan |
Attribute: Tool Language¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| AWK | nan |
| ActionScript | nan |
| Ada | nan |
| AppleScript | nan |
| Assembly Language | nan |
| Bash | nan |
| C | nan |
| C# | nan |
| C++ | nan |
| COBOL | nan |
| CSS | nan |
| CWL | nan |
| ColdFusion | nan |
| D | nan |
| Delphi | nan |
| Dockerfile | nan |
| Dylan | nan |
| Eiffel | nan |
| Elm | nan |
| Forth | nan |
| Fortran | nan |
| Go | nan |
| Groovy | nan |
| HTML | nan |
| Haskell | nan |
| Icarus | nan |
| JSP | nan |
| Java | nan |
| JavaScript | nan |
| Julia | nan |
| LabVIEW | nan |
| Lisp | nan |
| Lua | nan |
| MATLAB | nan |
| MLXTRAN | nan |
| Maple | nan |
| Mathematica | nan |
| NMTRAN | nan |
| Netlogo | nan |
| Nextflow | nan |
| Ocaml | nan |
| OpenEdge ABL | nan |
| Other | nan |
| PHP | nan |
| Pascal | nan |
| Perl | nan |
| PostScript | nan |
| PowerShell | nan |
| Prolog | nan |
| PyMOL | nan |
| Python | nan |
| R | nan |
| REXX | nan |
| Racket | nan |
| Ruby | nan |
| SAS | nan |
| SQL | nan |
| Scala | nan |
| Scheme | nan |
| Shell | nan |
| TeX | nan |
| Turing | nan |
| VHDL | nan |
| Verilog | nan |
| Visual Basic | nan |
| WDL | nan |
| XAML | nan |
Attribute: Tool License¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| AAL | nan |
| ADSL | nan |
| AFL-1.1 | nan |
| AFL-1.2 | nan |
| AFL-2.0 | nan |
| AFL-2.1 | nan |
| AFL-3.0 | nan |
| AGPL-1.0 | nan |
| AGPL-3.0 | nan |
| AMDPLPA | nan |
| AML | nan |
| AMPAS | nan |
| ANTLR-PD | nan |
| APAFML | nan |
| APL-1.0 | nan |
| APSL-1.0 | nan |
| APSL-1.1 | nan |
| APSL-1.2 | nan |
| APSL-2.0 | nan |
| Abstyles | nan |
| Adobe-2006 | nan |
| Adobe-Glyph | nan |
| Afmparse | nan |
| Aladdin | nan |
| Apache-1.0 | nan |
| Apache-1.1 | nan |
| Apache-2.0 | nan |
| Artistic-1.0 | nan |
| Artistic-1.0-Perl | nan |
| Artistic-1.0-cl8 | nan |
| Artistic-2.0 | nan |
| BSD-2-Clause | nan |
| BSD-2-Clause-FreeBSD | nan |
| BSD-2-Clause-NetBSD | nan |
| BSD-3-Clause | nan |
| BSD-3-Clause-Attribution | nan |
| BSD-3-Clause-Clear | nan |
| BSD-3-Clause-LBNL | nan |
| BSD-3-Clause-No-Nuclear-License | nan |
| BSD-3-Clause-No-Nuclear-License-2014 | nan |
| BSD-3-Clause-No-Nuclear-Warranty | nan |
| BSD-4-Clause | nan |
| BSD-4-Clause-UC | nan |
| BSD-Protection | nan |
| BSD-Source-Code | nan |
| BSD-style | nan |
| BSL-1.0 | nan |
| Bahyph | nan |
| Barr | nan |
| Beerware | nan |
| BitTorrent-1.0 | nan |
| BitTorrent-1.1 | nan |
| Borceux | nan |
| CATOSL-1.1 | nan |
| CC-BY-1.0 | nan |
| CC-BY-2.0 | nan |
| CC-BY-2.5 | nan |
| CC-BY-3.0 | nan |
| CC-BY-4.0 | nan |
| CC-BY-NC-1.0 | nan |
| CC-BY-NC-2.0 | nan |
| CC-BY-NC-2.5 | nan |
| CC-BY-NC-3.0 | nan |
| CC-BY-NC-4.0 | nan |
| CC-BY-NC-ND-1.0 | nan |
| CC-BY-NC-ND-2.0 | nan |
| CC-BY-NC-ND-2.5 | nan |
| CC-BY-NC-ND-3.0 | nan |
| CC-BY-NC-ND-4.0 | nan |
| CC-BY-NC-SA-1.0 | nan |
| CC-BY-NC-SA-2.0 | nan |
| CC-BY-NC-SA-2.5 | nan |
| CC-BY-NC-SA-3.0 | nan |
| CC-BY-NC-SA-4.0 | nan |
| CC-BY-ND-1.0 | nan |
| CC-BY-ND-2.0 | nan |
| CC-BY-ND-2.5 | nan |
| CC-BY-ND-3.0 | nan |
| CC-BY-ND-4.0 | nan |
| CC-BY-SA-1.0 | nan |
| CC-BY-SA-2.0 | nan |
| CC-BY-SA-2.5 | nan |
| CC-BY-SA-3.0 | nan |
| CC-BY-SA-4.0 | nan |
| CC0-1.0 | nan |
| CDDL-1.0 | nan |
| CDDL-1.1 | nan |
| CECILL-1.0 | nan |
| CECILL-1.1 | nan |
| CECILL-2.0 | nan |
| CECILL-2.1 | nan |
| CECILL-B | nan |
| CECILL-C | nan |
| CNRI-Jython | nan |
| CNRI-Python | nan |
| CNRI-Python-GPL-Compatible | nan |
| CPAL-1.0 | nan |
| CPL-1.0 | nan |
| CPOL-1.02 | nan |
| CUA-OPL-1.0 | nan |
| Caldera | nan |
| ClArtistic | nan |
| Condor-1.1 | nan |
| Crossword | nan |
| CrystalStacker | nan |
| Cube | nan |
| D-FSL-1.0 | nan |
| DOC | nan |
| DSDP | nan |
| Dotseqn | nan |
| ECL-1.0 | nan |
| ECL-2.0 | nan |
| EFL-1.0 | nan |
| EFL-2.0 | nan |
| EPL-1.0 | nan |
| EUDatagrid | nan |
| EUPL-1.0 | nan |
| EUPL-1.1 | nan |
| Entessa | nan |
| ErlPL-1.1 | nan |
| Eurosym | nan |
| FSFAP | nan |
| FSFUL | nan |
| FSFULLR | nan |
| FTL | nan |
| Fair | nan |
| Frameworx-1.0 | nan |
| FreeImage | nan |
| Freeware | nan |
| GFDL-1.1 | nan |
| GFDL-1.2 | nan |
| GFDL-1.3 | nan |
| GL2PS | nan |
| GPL-1.0 | nan |
| GPL-2.0 | nan |
| GPL-3.0 | nan |
| Giftware | nan |
| Glide | nan |
| Glulxe | nan |
| HPND | nan |
| HaskellReport | nan |
| IBM-pibs | nan |
| ICU | nan |
| IJG | nan |
| IPA | nan |
| IPL-1.0 | nan |
| ISC | nan |
| ImageMagick | nan |
| Imlib2 | nan |
| Info-ZIP | nan |
| Intel | nan |
| Intel-ACPI | nan |
| Interbase-1.0 | nan |
| JSON | nan |
| JasPer-2.0 | nan |
| LAL-1.2 | nan |
| LAL-1.3 | nan |
| LGPL-2.0 | nan |
| LGPL-2.1 | nan |
| LGPL-3.0 | nan |
| LGPLLR | nan |
| LPL-1.0 | nan |
| LPL-1.02 | nan |
| LPPL-1.0 | nan |
| LPPL-1.1 | nan |
| LPPL-1.2 | nan |
| LPPL-1.3a | nan |
| LPPL-1.3c | nan |
| Latex2e | nan |
| Leptonica | nan |
| LiLiQ-P-1.1 | nan |
| LiLiQ-R-1.1 | nan |
| LiLiQ-Rplus-1.1 | nan |
| Libpng | nan |
| MIT | nan |
| MIT-CMU | nan |
| MIT-advertising | nan |
| MIT-enna | nan |
| MIT-feh | nan |
| MITNFA | nan |
| MPL-1.0 | nan |
| MPL-1.1 | nan |
| MPL-2.0 | nan |
| MPL-2.0-no-copyleft-exception | nan |
| MS-PL | nan |
| MS-RL | nan |
| MTLL | nan |
| MakeIndex | nan |
| MirOS | nan |
| Motosoto | nan |
| Multics | nan |
| Mup | nan |
| NASA-1.3 | nan |
| NBPL-1.0 | nan |
| NCSA | nan |
| NGPL | nan |
| NLOD-1.0 | nan |
| NLPL | nan |
| NOSL | nan |
| NPL-1.0 | nan |
| NPL-1.1 | nan |
| NPOSL-3.0 | nan |
| NRL | nan |
| NTP | nan |
| Naumen | nan |
| NetCDF | nan |
| Newsletr | nan |
| Nokia | nan |
| Not licensed | nan |
| Noweb | nan |
| Nunit | nan |
| OCCT-PL | nan |
| OCLC-2.0 | nan |
| ODbL-1.0 | nan |
| OFL-1.0 | nan |
| OFL-1.1 | nan |
| OGTSL | nan |
| OLDAP-1.1 | nan |
| OLDAP-1.2 | nan |
| OLDAP-1.3 | nan |
| OLDAP-1.4 | nan |
| OLDAP-2.0 | nan |
| OLDAP-2.0.1 | nan |
| OLDAP-2.1 | nan |
| OLDAP-2.2 | nan |
| OLDAP-2.2.1 | nan |
| OLDAP-2.2.2 | nan |
| OLDAP-2.3 | nan |
| OLDAP-2.4 | nan |
| OLDAP-2.5 | nan |
| OLDAP-2.6 | nan |
| OLDAP-2.7 | nan |
| OLDAP-2.8 | nan |
| OML | nan |
| OPL-1.0 | nan |
| OSET-PL-2.1 | nan |
| OSL-1.0 | nan |
| OSL-1.1 | nan |
| OSL-2.0 | nan |
| OSL-2.1 | nan |
| OSL-3.0 | nan |
| OpenSSL | nan |
| Other | nan |
| PDDL-1.0 | nan |
| PHP-3.0 | nan |
| PHP-3.01 | nan |
| Plexus | nan |
| PostgreSQL | nan |
| Proprietary | nan |
| Python-2.0 | nan |
| QPL-1.0 | nan |
| Qhull | nan |
| RHeCos-1.1 | nan |
| RPL-1.1 | nan |
| RPL-1.5 | nan |
| RPSL-1.0 | nan |
| RSA-MD | nan |
| RSCPL | nan |
| Rdisc | nan |
| Ruby | nan |
| SAX-PD | nan |
| SCEA | nan |
| SGI-B-1.0 | nan |
| SGI-B-1.1 | nan |
| SGI-B-2.0 | nan |
| SISSL | nan |
| SISSL-1.2 | nan |
| SMLNJ | nan |
| SMPPL | nan |
| SNIA | nan |
| SPL-1.0 | nan |
| SWL | nan |
| Saxpath | nan |
| Sendmail | nan |
| SimPL-2.0 | nan |
| Sleepycat | nan |
| Spencer-86 | nan |
| Spencer-94 | nan |
| Spencer-99 | nan |
| SugarCRM-1.1.3 | nan |
| TCL | nan |
| TMate | nan |
| TORQUE-1.1 | nan |
| TOSL | nan |
| UPL-1.0 | nan |
| Unicode-TOU | nan |
| Unlicense | nan |
| VOSTROM | nan |
| VSL-1.0 | nan |
| Vim | nan |
| W3C | nan |
| W3C-19980720 | nan |
| WTFPL | nan |
| Watcom-1.0 | nan |
| Wsuipa | nan |
| X11 | nan |
| XFree86-1.1 | nan |
| XSkat | nan |
| Xerox | nan |
| Xnet | nan |
| YPL-1.0 | nan |
| YPL-1.1 | nan |
| ZPL-1.1 | nan |
| ZPL-2.0 | nan |
| ZPL-2.1 | nan |
| Zed | nan |
| Zend-2.0 | nan |
| Zimbra-1.3 | nan |
| Zimbra-1.4 | nan |
| Zlib | nan |
| bzip2-1.0.5 | nan |
| bzip2-1.0.6 | nan |
| curl | nan |
| diffmark | nan |
| dvipdfm | nan |
| eGenix | nan |
| gSOAP-1.3b | nan |
| gnuplot | nan |
| iMatix | nan |
| libtiff | nan |
| mpich2 | nan |
| psfrag | nan |
| psutils | nan |
| xinetd | nan |
| xpp | nan |
| zlib-acknowledgement | nan |
Attribute: Tool Link Type¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Discussion Forum | nan |
| Galaxy Service | nan |
| Helpdesk | A phone line, web site or email-based system providing help to the end-user of the software. |
| Issue Tracker | nan |
| Mailing list | Mailing list for the software announcements, discussions, support etc. |
| Mirror | Mirror of an (identical) online service. |
| Other | Other type of link for software - the default if a more specific type is not available. |
| Repository | A place where source code, data and other files can be retrieved from, typically via platforms like GitHub which provide version control and other features, or something simpler, e.g. an FTP site. |
| Service | An online service (other than Galaxy) that provides access (an interface) to the software. |
| Social Media | nan |
| Software Catalogue | nan |
| Technical Monitoring | nan |
Attribute: Tool Operating System¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Linux | All flavours of Linux/UNIX operating systems. |
| Mac | All flavours of Apple Macintosh operating systems (primarily Mac OS X). |
| Windows | All flavours of Microsoft Windows operating system. |
Attribute: Tool Operation¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Aggregation | nan |
| Allele Frequency Distribution Analysis | nan |
| Analysis | nan |
| Annotation | nan |
| Box-Whisker Plot Plotting | nan |
| Calculation | nan |
| Cell Migration Analysis | nan |
| Cell Modelling | nan |
| Cell Number Quantification | nan |
| Cell Type Enrichment Analysis | nan |
| Classification | nan |
| Clustering | nan |
| Clustering Profile Plotting | nan |
| Comparison | nan |
| Conversion | nan |
| Copy Number Variation Detection | nan |
| Correlation | nan |
| DNA Barcoding | nan |
| Data Handling | nan |
| Data Retrieval | nan |
| Database Search | nan |
| De Novo Sequencing | nan |
| Demultiplexing | nan |
| Differential Gene Expression Profiling | nan |
| Differential Protein Expression Profiling | nan |
| Dimensionality Reduction | nan |
| Editing | nan |
| Enrichment Analysis | nan |
| Expression Analysis | nan |
| Expression Correlation Analysis | nan |
| Expression Data Visualisation | nan |
| Expression Profile Clustering | nan |
| Expression Profile Comparison | nan |
| Functional Clustering | nan |
| Gene Expression Profiling | nan |
| Gene Methylation Analysis | nan |
| Gene Regulatory Network Analysis | nan |
| Gene Regulatory Network Prediction | nan |
| Gene-Set Enrichment Analysis | nan |
| Generation | nan |
| Genetic Mapping | nan |
| Genetic Variation Analysis | nan |
| Genome Analysis | nan |
| Genome Annotation | nan |
| Genome Visualisation | nan |
| Genotyping | nan |
| Heat Map Generation | nan |
| Image Analysis | nan |
| Imputation | nan |
| Incident Curve Plotting | nan |
| Information Retrieval | nan |
| Linkage Analysis | nan |
| Mapping | nan |
| Metabolic Pathway Prediction | nan |
| Methylation Analysis | nan |
| Microscope Image Visualisation | nan |
| Modelling and Simulation | nan |
| Molecular Dynamics | nan |
| Network Analysis | nan |
| Network Visualisation | nan |
| Nucleic Acid Feature Detection | nan |
| Nucleic Acid Sequence Analysis | nan |
| Nucleosome Position Prediction | nan |
| Ontology Visualisation | nan |
| Pathway Analysis | nan |
| Pathway Modelling | nan |
| Peak Calling | nan |
| Phylogenetic Analysis | nan |
| Prediction and Recognition | nan |
| Principal Component Analysis | nan |
| Protein Comparison | nan |
| Protein Function Comparison | nan |
| Protein Function Prediction | nan |
| Protein Identification | nan |
| Protein Interaction Network Analysis | nan |
| Protein Quantification | nan |
| Protein-Protein Interaction Analysis | nan |
| Quantification | nan |
| Query and Retrieval | nan |
| RNA Secondary Structure Prediction | nan |
| RNA-Seq Analysis | nan |
| RNA-Seq Quantification | nan |
| Regression Analysis | nan |
| SNP Annotation | nan |
| SNP Detection | nan |
| Scatter Plot Plotting | nan |
| Sequence Alignment Analysis | nan |
| Sequence Alignment Comparison | nan |
| Sequence Analysis | nan |
| Sequence Annotation | nan |
| Sequence Classification | nan |
| Sequence Cluster Visualisation | nan |
| Sequence Clustering | nan |
| Sequence Comparison | nan |
| Sequence Composition Calculation | nan |
| Sequence Editing | nan |
| Sequence File Editing | nan |
| Sequence Read Processing | nan |
| Sequencing Quality Control | nan |
| Simulated Gene Expression Data Generation | nan |
| Sorting | nan |
| Spectral Analysis | nan |
| Standardisation and Normalisation | nan |
| Statistical Calculation | nan |
| Statistical Inference | nan |
| Statistical Modelling | nan |
| Structural Variation Detection | nan |
| Structure Analysis | nan |
| Text Mining | nan |
| Tissue Modelling | nan |
| Validation | nan |
| Variant Calling | nan |
| Variant Classification | nan |
| Variant Effect Prediction | nan |
| Visualisation | nan |
| scRNA-Seq Analysis | nan |
| Agent-Based Cell Modelling | nan |
| Not Applicable | nan |
Attribute: Tool Output Data¶
See Tool Input Data
Attribute: Tool Output Format¶
See Tool Input Data
Attribute: Tool Topic¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Allergy Clinical Immunology and Immunotherapeutics | nan |
| Biochemistry | nan |
| Bioimaging | nan |
| Bioinformatics | nan |
| Biological Databases | nan |
| Biology | nan |
| Biomedical Science | nan |
| Biomolecular Simulation | nan |
| Biophysics | nan |
| Biotechnology | nan |
| Biotherapeutics | nan |
| Cell Biology | nan |
| Cell Culture Collection | nan |
| Chemistry | nan |
| Chip-Seq | nan |
| Chromosome Conformation Capture | nan |
| Comparative Genomics | nan |
| Compound Libraries and Screening | nan |
| Computational Biology | nan |
| Computer Science | nan |
| Cytogenetics | nan |
| Cytometry | nan |
| DNA | nan |
| DNA Mutation | nan |
| DNA Packaging | nan |
| DNA Polymorphism | nan |
| Data Architecture Analysis and Design | nan |
| Data Identity and Mapping | nan |
| Data Mining | nan |
| Data Submission Annotation and Curation | nan |
| Data Visualisation | nan |
| Developmental Biology | nan |
| Drug Development | nan |
| Drug Discovery | nan |
| Drug Metabolism | nan |
| Electron Microscopy | nan |
| Epigenetics | nan |
| Evolutionary Biology | nan |
| Exome Sequencing | nan |
| Experimental Design and Studies | nan |
| Function Analysis | nan |
| Functional Genomics | nan |
| Functional Regulatory and Non-Coding RNA | nan |
| GWAS Study | nan |
| Gene Expression | nan |
| Gene Regulation | nan |
| Gene Structure | nan |
| Gene Transcripts | nan |
| Gene and Protein Families | nan |
| Genetic Engineering | nan |
| Genetic Variation | nan |
| Genetics | nan |
| Genomics | nan |
| Genotype and Phenotype | nan |
| Imaging | nan |
| Immunoinformatics | nan |
| Immunology | nan |
| Immunomics | nan |
| Immunoprecipitation Experiment | nan |
| Immunoproteins and Antigens | nan |
| Infectious Disease | nan |
| Informatics | nan |
| Laboratory Techniques | nan |
| Light Microscopy | nan |
| Lipids | nan |
| Machine Learning | nan |
| Mapping | nan |
| Mathematics | nan |
| Medical Imaging | nan |
| Medical Informatics | nan |
| Medicine | nan |
| Medicines Research and Development | nan |
| Membrane and Lipoproteins | nan |
| Metagenomics | nan |
| Molecular Biology | nan |
| Molecular Genetics | nan |
| Molecular Interactions Pathways and Networks | nan |
| Nucleic Acid Structure Analysis | nan |
| Nucleic Acids | nan |
| Omics | nan |
| Oncology | nan |
| Ontology and Terminology | nan |
| Pathology | nan |
| Pharmacogenomics | nan |
| Pharmacology | nan |
| Pharmacovigilance | nan |
| Phylogenetics | nan |
| Phylogenomics | nan |
| Phylogeny | nan |
| Preclinical and Clinical Studies | nan |
| Probes and Primers | nan |
| Protein Expression | nan |
| Protein Modifications | nan |
| Protein Properties | nan |
| Proteins | nan |
| Proteomics | nan |
| Proteomics Experiment | nan |
| RNA | nan |
| RNA-Seq | nan |
| Safety Sciences | nan |
| Sample Collections | nan |
| Sequence Analysis | nan |
| Sequencing | nan |
| Simulation Experiment | nan |
| Software Engineering | nan |
| Statistics and Probability | nan |
| Structural Analysis | nan |
| Structural Biology | nan |
| Systems Biology | nan |
| Transcription Factors and Regulatory Sites | nan |
| Transcriptomics | nan |
| Virology | nan |
| Whole Genome Sequencing | nan |
| Workflows | nan |
| scRNA-Seq | nan |
Attribute: Tool Type¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Bioinformatics Portal | nan |
| Command-Line Tool | nan |
| Database Portal | nan |
| Desktop Application | nan |
| Library | A collection of components that are used to construct other tools. bio.tools scope includes component libraries performing high-level bioinformatics functions but excludes lower-level programming libraries. |
| Notebook | nan |
| Ontology | A collection of information about concepts, including terms, synonyms, descriptions etc. |
| Other | nan |
| Plug-In | nan |
| SPARQL Endpoint | nan |
| Script | A tool written for some run-time environment (e.g. other applications or an OS shell) that automates the execution of tasks. Often a small program written in a general-purpose languages (e.g. Perl, Python) or some domain-specific languages (e.g. sed). |
| Serialized Model | nan |
| Suite | A collection of tools which are bundled together into a convenient toolkit. Such tools typically share related functionality, a common user interface and can exchange data conveniently. This includes collections of stand-alone command-line tools, or Web applications within a common portal. |
| Web API | An application programming interface (API) consisting of endpoints to a request-response message system accessible via HTTP. Includes everything from simple data-access URLs to RESTful APIs. |
| Web Application | nan |
| Web Service | nan |
| Workbench | An application or suite with a graphical user interface, providing an integrated environment for data analysis which includes or may be extended with any number of functions or tools. Includes workflow systems, platforms, frameworks etc. |
| Workflow | A set of tools which have been composed together into a pipeline of some sort. Such tools are (typically) standalone, but are composed for convenience, for instance for batch execution via some workflow engine or script. |
Attribute: Tool Entity Role¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Developer | nan |
| Maintainer | nan |
| Provider | nan |
| Documentor | nan |
| Contributor | nan |
| Support | nan |
| Primary Contact | nan |
Attribute: Tool Entity Type¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| Person | nan |
| Project | nan |
| Division | nan |
| Institute | nan |
| Research Consortium | nan |
| Funding Agency | nan |
Attribute: Tool Package Dependencies Present¶
| Valid Value | Description |
|---|---|
| True | nan |
| False | nan |